對市場主體的監管，遵循不改變兩地現行法律、規則及投資者交易習慣的總體原則。從監管對象來看，滬港通業務的監管權限包括上市公司、證券公司和證券交易服務公司三個方面。

具體安排如下：一是對于上市公司，按照上市所在地原則進行監管。二是對于證券公司，原則上由持牌所在地監管機構監管。同時，證券公司通過滬港通代理投資者從事跨境證券交易行為時，境外監管機構有權對其跨境交易行為進行監管。三是交易所在對方市場設立承擔訂單轉發職能的公司（證券交易服務公司），由對方監管機構頒發牌照并進行監管。